Когда игроки в первый раз входят в Clash of clans, перед ними предстает деревня, вокруг которой растут различные деревья (Tree), кусты (Bush), большое количество камней (Stone).

Новичкам все это нравится, но постепенно все эти препятствия начинают мешать. Когда игрок понимает, что его деревня не может помещаться на клочке земли размером 8 на 8 клеток, он начинает срубать деревья, пни (Trunk), стволы, разрушать камни. Но для четвертого уровня ратуши это очень дорого, поэтому приходится строить свое поселение аккуратно, чтобы оно правильно вписывалось во все эти препятствия.

Начинающим игрокам также кажется, что камень, который очень похож не стену, может заменить ее. Но это не так, любой вражеский юнит может как высадиться, так и пройти около камня или другого препятствия.

При создании деревни на карте находятся около 40 препятствий. Их можно убирать за золото (Gold) и эликсир (Elixir). За монеты убираются каменные препятствия, за эликсир растительные. В отличие от растений, камни, после того,  как их убрать, заново на карте появиться не могут. Срубив любое препятствие, кроме ящика с кристаллами (Gem box), есть шанс получить до 6 кристаллов (Gem). Новое препятствие появляется через 8 часов после появления предыдущего.

Поскольку препятствия – это все предметы, находящиеся на карте и которые нельзя купить, к ним можно отнести и надгробия (Gravestones), которые появляются на месте умерших юнитов. Такие могилки тоже можно разбить на две группы: те, которые остались после гибели юнитов, их можно сделать в обычной казарме (Barrack) и те, которые создаются в темной казарме (Dark barrack).

Помимо этих, в игре присутствуют особые препятствия, которые могут появиться только в определенное время, например, когда идут новогодние праздники. К таким препятствиям относят Хэллоуинские надгробия (Halloween headstone), новогодние и рождественские елки (X-Mas tree), а также ящик с кристаллами. За разрушение надгробия, которое может появиться только во время Хэллоуина можно получить 75 000 обычного эликсира, за новогоднюю елку можно получить 50 000 золота, а за рождественскую – 75 000 монет. Ящик с кристаллами появляется раз в две недели, то есть за один сезон в игре может появиться только один Gem box, за его разрушение вы получите 25 кристаллов.

Следует отметить, что лимит количества препятствий, одновременно находящихся на одной карте, равен сорока единицам.